Os dejamos el .htaccess por defecto que genera wordpress en vuestra instalación si vais a usar URLs amigables (o permalinks).

# BEGIN WordPress

RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteRule ^index\.php$ - [L]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule . /index.php [L]

# END WordPress

Y el motivo no es otro que tener una referencia para esos casos en los que la web deja de funcionar, aparecen errores 404, y hemos borrado o modificado el archivo por error. La otra opción es modificar la base de datos vía PHPMyAdmin o similar con objeto de localizar el registro en la base de datos, tabla “wp_options” -> “rewrite_rules”.

Referencia: WordPress using permalinks